Como pode ver, ao serem opacas as cores e estarmos trabalhando na mesma camada, a cor cobre as linhas.
A maneira mais simples de colorir e a seguinte:
Criar uma cópia de fundo. Pôr a cópia como primeira camada. (acima das outras).
Pôr ela em modo “Multiplicar”
E colorir em outras camadas.